A、细胞分化就是指细胞在形态、结构和功能上发生稳定差异的过程，A正确；B、亚显微结构水平就是细胞器水平，细胞的功能与细胞器的种类和数量密切相关，B正确；C、细胞分化的根本原因是基因的选择性表达，C错误；D、从核酸分子的角度分析，细胞分化是基因选择性表达的结果，D正确．故选：C．
