为什么债券的公允价值变动有的计入资本公积，有的计

看公司持有目的，是划归为“交易性金融资产”还是划归为“可供出售金融资产”。“交易性金融资产”的公允价值变动计入公允价值变动；“可供出售金融资产”的公允价值变动计入资本公积。前者短期内会出售，所以，相应公允价值变动计入公司损益；后者不一定在短期内出售，所以，公允价值变动只是影响利润表后的其它综合性收益。
不过，债券更常见的是持有至到期，作为“持有至到期投资”进行计量。
扩展阅读：公允价值变动损益与资本公积的区别：
1、定义不同：

公允价值变动损益是指企业以各种资产，如投资性房地产、债务重组、非货币交换、交易性金融资产等公允价值变动形成的应计入当期损益的利得或损失。
资本公积是指企业在经营过程中由于接受捐赠、股本溢价以及法定财产重估增值等原因所形成的公积金。
2、所属账户类别不同：
公允价值变动损益属于损益类账户；资本公积属于所有者权益类账户。
3、反映内容不同：

公允价值变动损益是公允价值与账面余额之间的差额。该项目反映了资产在持有期间因公允价值变动而产生的损益。也是新利润表上的项目"公允价值变动收益"填列依据。
资本公积是指投资者或者他人投入到企业、所有权归属于投资者、并且投入金额上超过法定资本部分的资本。

总之，公允价值变动损益与资本公积是两个不同的会计科目。
公允价值变动损益是指一项资产在取得之后的计量，即后续采用公允价值计量模式时，期末资产账面价值与其公允价值之间的差额。是新会计准则下一个全新项目，其对上市公司的净利润与应交所得税的影响需要根据持有期间与处置期间分别确定。

资本公积包括：：资本（股本）溢价、其他资本公积、资产评估增值、资本折算差额。
资本溢价是公司发行权益债券价格超出所有者权益的部分，股本溢价是公司发行股票的价格超出票面价格的部分。
其他资本公积包括可供出售的金融资产公允价值变动、长期股权投资权益法下被投资单位净利润以外的变动。
资产评估增值是按法定要求对企业资产进行重新估价时，重估价高于资产的账面净值的部分（参见资产评估）。
资本折算差额是外币资本因汇率变动产生的差额。