南充开发较早,新石器时代就有先民居住。夏代为“有果氏”之国,殷商属巴国,周为巴子国属地。战国时期,约公元前330年,巴子国国都迁阆中,秦惠文王更元九年秦灭巴,十一年置阆中县,隶巴郡(今重庆市)。秦代郡县建置依旧。
西汉(前206—公元23)初,析阆中县置安汉(今南充)、充国县。新莽时更安汉县为安新县。
东汉兴平元年(公元194年)境内置巴郡,辖安汉(郡治)、阆中、西充国(充国更名)、南充国县(析充国县置)。建安六年改巴郡为巴西郡,郡治迁阆中,隶属未变。三国蜀汉、西晋、成汉时,郡县依旧。东晋时,阆中为北巴西郡郡治,辖西充国(郡治)、南充国、安汉、羔羊县(今仪陇境)。
南朝宋(420年~479年)时,巴西郡为僚人所聚,郡县迁今绵阳市境内侨置,辖阆中(郡治)、安汉、西国(西充国改)、南国(南充国改)、羔羊县。南朝齐时,郡县建置依旧。唐代,隶山南西道,境内置3州,辖阆州(阆中郡)阆中(阆内改,州郡治)、思恭(今阆中境)等19县。
五代(907年~960年[1-2])时,州县设置未变。后唐(923-937)于阆州置保宁军,于果州置永宁军。
北宋(960-1127),境内置3州,辖隶成都府路的果州南充(州治)、西充、相如等13县。
南宋(1127-1279),境内置1府,辖隶潼川府路的顺庆府南充(府治)、西充、流溪县及隶利州路的阆州阆中(州治)南部、新井、奉国、新政、西水县和蓬州蓬池(州治)、仪陇、营山、伏虞、良山、相如县等2州15县。
明代(1368-1644)隶四川布政使司,境内置2府,辖顺庆府南充、西充县和蓬州、营山、仪陇县,保宁府阆中(府治)、南部等1州6县。
清代(1644-1911)隶四川省,境内置川北道,辖保宁府阆中(道府治)、南部县,顺庆府南充(府治)、西充、营山、仪陇和蓬州(县级州)等2府1州6县。
中华民国初(1912年),隶四川省,境内置嘉陵道,辖南充(道治)、阆中、南部、西充、营山、仪陇、蓬安(蓬州改)等7县。民国24年,境内置第十一行政督察区,辖南充(区治)、蓬安、营山、仪陇、西充、南部等6县。阆中隶第十四行政督察区。
中华人民共和国建立(1949年)后,隶川北行署区,境内辖南充市(区治,区直辖)、南充、西充、南部、仪陇、营山、蓬安等1市6县;属南充专区(治今岳池县九龙镇)。
1950年设南充专区,属川北行署区。南充专署驻岳池县,辖岳池、南充(驻龙门场)、蓬安、营山、武胜、西充、南部、仪陇等8县。
1952年南充专区属四川省领导。原由川北行署直辖的南充市划归南充专署领导。辖1市、8县。
1953年南充市改为省辖市,委托南充专署代管。原广元专区所属苍溪、阆中2县及原大竹专区所属广安县划入南充专区。辖1市、11县。
1956年南充县由龙门场迁驻南充市;蓬安县由锦屏镇迁驻周口镇;武胜县迁驻沿口镇。
1965年南充县由南充市区迁驻南充市河东公社。
1970年南充专区改称南充地区,地区驻南充市。辖南充市及南充(驻河东公社)、苍溪、阆中、仪陇、南部、西充、营山、蓬安(驻周口镇)、广安、岳池、武胜(驻沿口镇)等11县。
1972年南充县驻城关(清溪公社与河东公社合并为城关公社)。
1979年由广安、岳池2县析置华蓥工农区(相当于县级),工农区政府驻双河公社。南充地区辖1市、11县、1工农区。
1993年7月2日,撤销南充地区、南充市、南充县,设立南充市(地级),市人民政府驻顺庆区。南充市下辖顺庆区、高坪区和嘉陵区、南部县、营山县、蓬安县、仪陇县、西充县。阆中市由四川省直辖,南充市代管。