阿奇霉素和头孢克肟可以同时用吗？

可以。不知道你儿子多大。
如果是肺炎的话，联用两药是可以的，可以增加抗菌谱的覆盖。它们两个的蛋白结合率都不高，头孢克肟65％，阿奇霉素20％左右；前者原形经肾排泄，后者经肝胆系统排泄，故联用不会明显增加单药的不良反应的。虽然我们不常用这两药联合。
你直接用口服药，反而应该考虑够不够、覆盖广不广的问题。
我觉得联用有益（增加抗菌谱）就可以，而且在药代动力学上并不说明增加毒性。例如：李斯德菌属的推荐用药就是氨苄西林+红霉素。与头孢克肟和阿奇霉素一样分属贝他内酰胺和大环内酯。
你如果按照医生指导用药，不要担心过量的问题。参照药盒上的使用说明，按照单药的剂量就可以了。药物使用都会有不良反应（药盒上都有），过量只是使不良反应率提高了。仅依据症状是无法评价是否过量的。
又没人站出来说增加毒性。可能降低单药疗效，又不是说不如单药治疗。怎么不能共用？关键是你孩子年龄问题，如果是小孩，则需要考虑用喹洛酮类药物，使得医生用药捉襟见肘。
食物对头孢克肟影响较小，最好是朝9（点）晚3（点）服用，一般不易做到，可以在早饭后和晚餐前服用。阿奇霉素原则上是应当避开食物的，但是它的消化道副反应有时比较明显，故建议餐后服用。另外，希望同时使用化痰药。
口服药不易治好肺炎，正如我前面提到，请你考虑静脉补液治疗