是第76集、第219集、第356集、第469集、第470集、第515集、第537集、第538集、第585集、第586集、第587集、第627集、第628集。
1、第76集讲述游轮上举行的是铃木集团建立60周年的庆典。怪盗基德及悄然无息的混入庆典。庆典中，铃木朋子为了为难基德，将上百件宝石的复制品发给了前来的宾客，并且没有透露真宝石的下落，晚会中柯南等人又接到基德的留言，柯南发现马脚，与怪盗基德的对决开始了。
2、第219集讲述管家寺井的话让他回忆起了过去那次惊险的钟塔之旅。那是一个明朗的夜晚，他扮成怪盗基德去偷钟塔指针上的宝石，却因为一个破绽而暴露了自己的身份，逃跑中感叹有人在帮助警方，而他怎么也没想到那个人就是工藤新一。他与新一进行了一场精彩的对决，两人势均力敌。
3、第356集讲述最引人注目的就是大海的奇迹Blue wonder；次郎吉想要用这个珍贵的海蓝宝石来吸引怪盗基德，实际上他已经下了挑战，而怪盗基德也答应应战。第二天晚上，次郎吉家聚集了许多人，包括中森警部和他的部下，小兰一行人也混在人群里等待；怪盗基德终于出现。
4、第469集讲述画家及川武赖收到了怪盗KID的预告函，目标及川的最新作品《青岚》，预先告知的犯罪时间是20点。中森警长在指挥现场的警戒任务，小五郎和柯南等人也受到委托前往别墅。在距离预告时间还有30分钟的时候，在及川结束确认绘画作品时，别墅突然停电了。
5、第470集讲述画家及川武赖的新作《青岚》在别墅内被偷走，同时岳父神原晴仁被人用刀刺死，柯南注意到怪盗KID已经变装成目暮警官，佐藤刑警，高木刑警，千叶刑警中的一人，于是前往新闻团队中打听消息。接着柯南在及川武赖的画室展开了调查
6、第515集讲述园子的叔叔铃木财团的咨询顾问次郎吉，计划用传说中的拖鞋紫红趾甲当诱饵，来抓捕基德。柯南等人随着群众的目光，凝视着空中，高空中出现了驾驶滑翔机而来的基德。基德刚在展示台上站稳，次郎吉就对工作人员下达指示，将十字路口的四周用网围了起来。
7、第537集讲述怪盗基德给铃木次郎吉送了一封预告函。基德盯上的是驰名于幕府末期的机关师的大金库铁狸。新月之夜，次郎吉在铁狸内装配了能感知重量的传感器，并夸口说即使是基德也不能靠近金库，但中森警部在铁狸前发现了一张卡片。而那才是真正的基德所发出的预告函。
8、第538集讲述柯南对于次郎吉在对付基德的警备配置过程中奇怪的行动困惑不解。就在柯南反复思索这一系列无法理解的行动时、预计基德会现身的时刻。次郎吉却义无返顾地扬长而去。当中村警部再次确认铁狸时。
9、第585集讲述铃木次郎吉发现了麒麟角不久后，收到了怪盗基德的预告函，通过预告函，铃木次郎吉推测怪盗基德不能伪装成小孩子，便邀请少年侦探团参与逐步活动，来到预告地点，柯南等人看了成功拿到麒麟教的方法，并对此机关充满信心。
10、第586集讲述一同请前往乡野的少年侦探团等人，帮助铃木次郎吉来保护麒麟角不被基德偷走，并协助他抓住基德。就在预告的时间到达时，忽然停电了，窗户也被基德的炸药炸开。少年侦探团等人死死的护住钥匙孔，但麒麟角还是被偷走了，柯南也被基德用电击枪电晕。
11、第587集讲述柯南昏迷后，灰原哀与少年侦探团开始了搜查，可搜查了一圈后仍无头绪，就在这时，柯南苏醒了，并示意大家不要让其他人发现。柯南将不用钥匙打开机关的方法和基德成功拿到麒麟角的方法，告诉了大家，并推出基德伪装的人物就是中森银三。
12、第627集讲述即将开办“龙马展”的主办者和警方收到了怪盗基德的预告函。与以往不同的是，基德许诺将在龙马展上现身并奉还曾经失窃的三件龙马宝物，柯南和铃木次郎吉一行人也根据线索展开了调查。
13、第628集讲述随着基德预告函时间的一步步逼近，柯南、铃木次郎吉及警视厅的警察都严阵以待等待基德的出现。而同时，一场精心策划的案中案也正在假借基德的犯罪悄然上演。
他们之间对战（而不是合作和打酱油）的集数有：
076 柯南VS怪盗基德
219 被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德
356 怪盗基德的惊异空中步行
469 怪盗基德与四幅名画（前篇）
470 怪盗基德与四幅名画（后篇）
515 怪盗基德的瞬间移动魔术
537 怪盗基德VS最强金库（前篇）
538 怪盗基德VS最强金库（后篇）
585 跨越时空的樱花之恋【后半篇】
586 黑暗中消失的麒麟之角
587 基德VS四神侦探团
627 柯南基德的龙马宝物攻防战（前篇）
628 柯南基德的龙马宝物攻防战（后篇）
剧情简介（剧透较严重，慎看）：
076 柯南VS怪盗基德
雨天同园子一同走在路上的小兰了解到了有关怪盗基德的信息，并受到园子的委托要求毛利小五郎协助对怪盗基德的抓捕工作。就在这时，一个帅气的男孩映入小兰眼中，相貌与新一十分相似。一闪而过，引起小兰一阵失落。晚上，小兰与毛利小五郎提起园子的委托，谈起巧遇新一的事情。由于柯南知道自己就是新一，所以并未把事放在心上，只是简单的安慰了几句。注意力便全集中在了基德的预告函上。第二天，柯南等人对基德要偷的宝石进行了参观，柯南在偶然间明白了基德预告函的意思。便在预告的时间在预告的地点做好了准备。柯南通过博士了解到怪盗基德在18年前就已出现过，于是柯南便预计他因应该不年轻了。安静的夜里，怪盗基德悄然无声的降落在房顶，甚至连在与博士通话的柯南都差没点现。一身白色的服装体现了怪盗基德的特殊。柯南点燃早已准备好的烟火，欲将警察等人引来，这时怪盗基德竟不用任何变声器便学起了警官的声音，将所有的警察都引到房顶，然后在众目睽睽下消失了，剩下的只有一张预告函……
按照基德的预告，第二次的相见是在一艘游轮上，游轮上举行的是铃木集团建立60周年的庆典。怪盗基德及悄然无息的混入庆典。庆典中，铃木朋子为了为难基德，将上百件宝石的复制品发给了前来的宾客，并且没有透露真宝石的下落，晚会中柯南等人又接到基德的留言，柯南发现马脚，与怪盗基德的对决开始了，柯南会胜利吗……
219 被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德
在逛街的兰与园子正在讨论怪盗基德的事情，碰巧她们看见了一个与新一很像的男孩正在和另一个女孩谈天，兰十分疑惑。当天晚上，黑羽快斗望着对面的直升机，开始准备行动，但是，管家寺井的话让他回忆起了过去那次惊险的钟塔之旅。那是一个明朗的夜晚，他扮成怪盗基德去偷钟塔指针上的宝石，只见钟塔下许多人在围观，他顺利地扮成他人进入塔楼，却因为一个破绽而暴露了自己的身份，逃跑中感叹有人在帮助警方，而他怎么也没想到那个人就是工藤新一。他与新一进行了一场精彩的对决，两人势均力敌，虽然最后他以巧妙的方式逃脱，他还是感叹这个少年侦探的敏锐，最后，他成功地保住了钟塔。回忆完这段记忆后，他开始完成下一个任务。
356 怪盗基德的惊异空中步行
园子约小兰和柯南一起去看大盗电影的续集，结束后园子十分不满这次的剧情，三人讨论正激烈时，一名陌生男子抢走了园子的包，兰和柯南追踪，一个胆大的老人和一只叫做鲁邦的狗抓住了这名男子，原来这个老人就是园子的伯伯——铃木次郎吉。他带园子、小兰和柯南一起去他的收藏馆参观，并向他们展示了许多宝贝，其中，最引人注目的就是大海的奇迹——Blue wonder；次郎吉告诉他们想要用这个珍贵的海蓝宝石来吸引怪盗基德，实际上他已经下了挑战，而怪盗基德也答应应战。第二天晚上，次郎吉家聚集了许多人，包括中森警部和他的部下，小兰一行人也混在人群里等待；怪盗基德终于出现，但他却是悬空向宝石处走去，这只是第一次行动，接下来的第二次依然是奇异的空中漫步，他是怎么做到的？人真的可以摆脱重力悬在半空中吗？柯南及众人能够解开这个奇怪的谜团吗？怪盗基德又该如何脱身呢？
469 怪盗基德与四幅名画（前篇）
画家及川武赖收到了怪盗KID的预告函，目标及川的最新作品《青岚》，预先告知的犯罪时间是20点。中森警长在指挥现场的警戒任务，小五郎和柯南等人也受到委托前往别墅。在距离预告时间还有30分钟的时候，及川想前往工作室确认下画的情况, 希望可以关闭10分钟的监视摄像机。可是，在及川结束确认绘画作品时，别墅突然停电了……
470 怪盗基德与四幅名画（后篇）
画家及川武赖的新作《青岚》在别墅内被偷走，同时岳父神原晴仁被人用刀刺死。目暮警长等人判断凶手是怪盗KID，但是他作案从不夺人性命造成了疑点。柯南注意到怪盗KID已经变装成目暮警官，佐藤刑警，高木刑警，千叶刑警中的一人，于是前往新闻团队中打听消息。接着柯南在及川武赖的画室展开了调查……
515 怪盗基德的瞬间移动魔术
园子的叔叔铃木财团的咨询顾问次郎吉，计划用传说中的拖鞋紫红趾甲当诱饵，来抓捕基德。次郎吉打算利用基德每次总是从高处出现这一登场方式，来作点文章。次郎吉在东京银座的十字路口举办拖鞋的展示活动。这是个基德不能用滑翔机起飞的地点。随后，柯南等人随着群众的目光，凝视着空中，高空中出现了驾驶滑翔机而来的基德。基德刚在展示台上站稳，次郎吉就对工作人员下达指示，将十字路口的四周用网围了起来。网的高度达到了20米左右，次郎吉确信自己获得了胜利，但基德在拿起宝物后，宣称自己将使用意念传送的方式进行逃脱…
537 怪盗基德VS最强金库（前篇）
怪盗基德给铃木次郎吉送了一封预告函。这次基德盯上的是驰名于幕府末期的机关师的大金库铁狸。但是因为这次预告函上的画和以前基德所画的不同，所以次郎吉认为是有人在假冒基德。当到了预告所说的新月之夜，次郎吉在铁狸内装配了能感知重量的传感器，并夸口说即使是基德也不能靠近金库，但中森警部在铁狸前发现了一张卡片。而那才是真正的基德所发出的预告函…
538 怪盗基德VS最强金库（后篇）
柯南对于次郎吉在对付基德的警备配置过程中奇怪的行动困惑不解。根据瑞纪所言，最近他在日常生活中也有许多让人不解的行为。唯独晚餐要在自己的房间内享用，其后必定会少掉两张盘子。看上去神采奕奕，可是视察铁狸的时候却柱着拐杖，有时会一个人在房间内似乎在和谁交谈。就在柯南反复思索这一系列无法理解的行动时、预计基德会现身的时刻。次郎吉却义无返顾地扬长而去。当中村警部再次确认铁狸时…
585 跨越时空的樱花之恋【后半篇】
离开白鸟警官后，小林老师回到了空无一人的办公室。就在这时，忽然小林老师接到了警察的电话，说是证据以找到，准备让小林老师核实，地点是学校的音乐教室。在去往音乐教室的途中，小林考试与佐藤警官调换，抓住了嫌疑人。这是小林老师想起了童年与白鸟警官的邂逅，白鸟警官告白成功……
铃木次郎吉发现了麒麟角不久后，收到了怪盗基德的预告函，通过预告函，铃木次郎吉推测怪盗基德不能伪装成小孩子，便邀请少年侦探团参与逐步活动，来到预告地点，柯南等人看了成功拿到麒麟教的方法，并对此机关充满信心……
586 黑暗中消失的麒麟之角
一同请前往乡野的少年侦探团等人帮助铃木次郎吉来保护麒麟角不被基德偷走，并协助他抓住基德。屋中的机关很复杂，需要四个人同时将钥匙插入房间的四个钥匙孔中才能将机关打开。屋中央的柱子就是防止麒麟角的地方。柱子上写着如何不用钥匙拿到麒麟角的办法。就在预告的时间到达时，忽然停电了，窗户也被基德的炸药炸开。少年侦探团等人死死的护住钥匙孔，但麒麟角还是被偷走了，柯南也被基德用电击枪电晕，灰原哀只好带领少年侦探团进行调查……
587 基德VS四神侦探团
柯南昏迷后，灰原哀与少年侦探团开始了搜查，可搜查了一圈后仍无头绪，就在这时，柯南苏醒了，并示意大家不要让其他人发现。柯南将不用钥匙打开机关的方法和基德成功拿到麒麟角的方法一一告诉了大家，并推出基德伪装的人物就是中森银三。就在这时中森警官也出现在了门外。中森警官将屋内除基德以外的人做了记号。而已的则快速将屋内的电线切断，就在这时，地板上基德安装的炸弹爆炸了，一阵刺眼的光后，元太都在了炸弹炸出的洞中。在大家外出抓基德时，柯南经过回忆，确定元太就是基德伪装的，并报告警官……
627 柯南基德的龙马宝物攻防战（前篇）
即将开办“龙马展”的主办者和警方收到了怪盗基德的预告函。与以往不同的是，基德许诺将在龙马展上现身并奉还曾经失窃的三件龙马宝物，柯南和铃木次郎吉一行人也根据线索展开了调查……
628 柯南基德的龙马宝物攻防战（后篇）
随着基德预告函时间的一步步逼近，柯南、铃木次郎吉及警视厅的警察都严阵以待等待基德的出现。而同时，一场精心策划的案中案也正在假借基德的犯罪悄然上演……
76 柯南VS怪盗基德
32 魔术爱好者杀人事件（事件篇）（次要）
133 魔术爱好者杀人事件（疑惑篇）（次要）
134 魔术爱好者杀人事件（解决篇）（次要）
219 被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德（次要，犯人盗用基德的名头，但有头尾正式出场，开头20分钟是主要任务）
356 怪盗基德的惊异空中步行
394 奇异屋宇大冒险（封印篇）
395 奇异屋宇大冒险（机关篇）
396 奇异屋宇大冒险（解决篇）
469 怪盗基德与四幅名画（前篇）
470 怪盗基德与四幅名画（后篇）
515 怪盗基德的瞬间移动魔术
537 怪盗基德VS最强金库（前篇）
538 怪盗基德VS最强金库（后篇）
585 跨越时空的樱花之恋
586 黑暗中消失的麒麟之角
587 基德VS四神侦探团
627 柯南基德的龙马宝物攻防战（前篇）☆
628 柯南基德的龙马宝物攻防战（后篇）
701 漆黑的特快列车（发车）
702 漆黑的特快列车（隧道）
703 漆黑的特快列车（交叉）
704 漆黑的特快列车（终点）（列车篇为合作）
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