南京航空航天大学是一所工科类重点本科院校，拥有共6个最好专业（特色专业）。但是因为每个人关注的角度不一样，答案也有很多种变化。
南京航空航天大学飞行器设计与工程、机械工程及自动化、电气工程与自动化、信息工程、交通运输、飞行器动力工程等专业可以说是南京航空航天大学最好最有特色的专业了，这些专业为同类型高校相关专业和本校的专业建设与改革起到示范带动作用。
根据教育部第三轮官方学科评估，南京航空航天大学参评学科的全国排名情况如下：
可以知道航空宇航科学与技术是其王牌学科，然后是理学、机械工程。
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