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根据《高新技术企业认定管理工作指引》对高新技术企业认定申报材料的规定可以看出，高新技术企业认定的审计包括：
1、经具有资质并符合本《工作指引》相关条件的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用（实际年限不足三年的按实际经营年限）、近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计报告；
2、经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、利润及利润分配表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）。
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主要审计的内容有两项：
1、近三年研究开发费用专项审计：对企业申报前三年研发费用的合理性审计，最终符合要求的研发费用是否占企业营业的要求比例；
2、上年度高新技术产品（服务）专项审计：对企业申报上一年的高新技术产品（服务）收入的审计，最终符合要求的收入是否占企业总收入的60%以上。
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