协议当然有效，除非你拿出证据，本协议显失公平。拆迁协议已签字，说明你认可这份协议，评估面积有误，可协商解决。
如果你的房子面积评估有问题，但你已经签订了协议，你可以向对方说明问题，看对方怎么回答，但房子面积评估有问题，对方必须重新签订协议。
可以找拆迁部门修改一下，一般来说都是会同意的情况
