支票跨行交易的业务，现在一般是两个途径，一是当地的同城清算系统，二是人民银行总行建设的支票影像交换系统。
同城清算系统，一般采取隔场抵用的原则，即农村信用社提出票据，如建行不退票，则第二场交易结束后，自动记入你在农信的账户。
场次的设置，由当地人民银行决定。
支票影像交换系统，通过支票影像业务提出业务，通过小额支付系统进行资金清算。要求T＋1或T＋2个工作日，提入行必须答复，或者退票，或者不退票完成资金清算。但是系统并未强制清算，一切取决于提入行的处理效率。在人民银行严格管理的前提下，不会用很长时间。
由于支票影像系统效率并不高，一般来说，同城的业务，银行机构一般选择同城清算系统处理。有些地方，如新疆，地广人稀，无法采取同城交易的方式处理业务，支票影像业务要多一些。
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