1、所有的基因都位于一个单一的环状DNA分子上。
2、遗传物质不为核膜所包被。
3、DNA不为蛋白质所压缩。
4、基因组没有包含那么多非编码区域（调控区域或“内含子”）。
5、一些密码子与通用密码子不同。相反，与一些紫色非硫细菌相似。
6、一些碱基为两个不同基因的一部分（重叠基因）：某碱基作为一个基因的末尾，同时作为下一个基因的开始。
7、线粒体DNA比DNA存活时间长得多，而且遗传自母亲，因此用来确认家庭关系十分理想。
扩展资料：
线粒体DNA与一般位于细胞核内的DNA有不同的演化起源，可能是源自早期细菌。虽然现存生物体中绝大多数作用于线粒体的蛋白质，是由细胞核DNA所制造，但这些基因中有一些可能是源于细菌，并于演化过程中转移到细胞核中，称为核内线粒体片段。
现今人类体内的每个细胞中，大约有1000到10000个线粒体，而每一个线粒体内，则大约有2到10组mtDNA，每个mtDNA共包含16569个碱基对，其中有37个基因，可用来制造13种蛋白质、22种tRNA与两种rRNA。其中的内含子较细胞核基因少，且有些不含内含子，如tRNA基因。
参考资料来源：百度百科 线粒体DNA
三大主要特点：1.母系遗传；2.独立的核外遗传密码；3.进化速率快。
线粒体DNA为母性遗传，不遵守孟德尔遗传定律，具有可溯源性。且突变率适中，具有一定多态性，可作为标记基因使用。
线粒体DNA通常是裸露的不与组蛋白结合，而核DNA与组蛋白结合成核小体。线粒体DNA主要编码线粒体的tRNA rRNA及一些线粒体蛋白质。线粒体DNA是一条双链环状DNA分子。核DNA多为双螺旋结构。人类线粒体基因组编码了37个基因。线粒体DNA复制方式为D环复制。线粒体DNA为母系遗传，因为精子在进入卵子的时候线粒体、鞭毛被降解。
不遵守孟德尔遗传定律。
子代由线粒体DNA所产生的性状和母本相同。
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