激素替代治疗的主要弊端是单纯雌激素长期刺激可导致子宫内膜增生，乃至发生癌变。早期的激素替代治疗采用的是单一雌激素，其结果显示，子宫内膜癌的发生率较正常人群有明显增高。对乳癌发生率的影响尚无明确结论。
综上所述，激素替代治疗对更年期妇女的健康利多于弊，且通过合理用药还可将其弊端降至最低程度。
