南明和大顺军终归失败的主要原因是内部矛盾重重、勾心斗角，严重分散、抵消了抗清力量。多尔衮、福临等满洲贵族不仅代表着一种比较落后的生产方式，而且兵力和后备兵员非常有限，单凭自己的八旗兵根本不可能征服全国，汉族各派抗清势力的失败在很大程度上是自己打倒了自己。
李自成牺牲以后大顺军始终没有形成一个较为稳定的领导核心，长期各自为战，未能在抗清斗争中发挥更大作用。孙可望在前期是位出类拔萃的人物，后来飞扬跋扈，导致大局逆转，终至众叛亲离，仓皇出降。朱由崧、朱常淓、朱由榔等南明统治者的昏庸懦弱，一些直到现在仍备受人们景仰的人物如史可法、何腾蛟、瞿式耜、郑成功，也不像历来的史籍描写的那么完美。
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