特别篇是根据游戏改编的，但并不完全是。主角形象是由游戏决定的。第一代赤（红）、茂（绿）、蓝、黄，二代金、银、水晶，三代路比（红宝石）、沙菲亚（蓝宝石）。接下来是火红、叶绿，他们的原型已经有了，所以就搞了一个新故事。接下来是米拉特（绿宝石），因为有了红蓝宝石基础绿宝石没法重复，就也搞了一个新故事。接下来则是戴亚蒙德（钻石）、帕鲁（珍珠）、普拉蒂娜（白金）。而特别篇设置心金魂银剧情在珍钻白金之前，当然主角是金、银、水晶。接下来就是现在的黑白，但据说赤爷要回归了，可能又会有不错的剧情了
其实并不是主角不再出场，而是已经更换了主角。神奇宝贝特别篇漫画是和已推出的神奇宝贝系列游戏有关联的。举个例子，特别篇漫画16-22中就讲述了关于神奇宝贝红蓝宝石中的主角：路比，沙菲亚的故事。
特别篇是以游戏中主人公的形象设计主角的，赤的形象来自“口袋妖怪赤·绿”的主人公，当剧情发展到别的篇章，主角就相应的换成金（金银版）、路比（宝石版）。。。。
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