哥斯拉终极战2004剧情概要:数年前,人类以超级战舰「轰天号」,在南极击溃「哥斯拉」,并且将「哥斯拉」封印在地底下。但是地球除了「哥斯拉」以外,还有许许多多的怪兽,对各大人类都市虎视眈眈。於是,人类成立了「地球防衞部」,专门对付各种怪兽的入侵。而地球防衞部最强大的成员,就是当年封印哥斯拉的「轰天号」以及其舰长「道格拉斯˙戈登上校」。此外,为了应付怪兽对人类造成的困扰,地球防衞部特别甄选了有特殊能力的人类,这些「超人类」拥有普通人类所没有的「M染色体」,让这些人类拥有比普通人更强大的体能跟敏捷性,以应付怪兽的攻击,其中的佼佼者就是「尾崎真一少尉」。就在不久之前,人们挖到一个巨大怪物的遗骸,而且怪物拥有机械跟生物的本质,怀疑能够将生物跟机械结合起来的怪物应该来自於外太空。不久,尾崎真一收到来自婴儿岛「小美人」的警告,这个怪物是当年被「魔斯拉」给封印的「盖刚」,盖刚的出现代表着人类的危机。就在盖刚出土不久,世界各地突然在同一时间,遭受到了各大怪物的攻击,一时之间让地球防衞部忙的焦头烂额。但是突然出现的神秘飞行器,却将这些怪物全部都带走。这些自称「X星人」的外星来访客,声明自己是人类的朋友,要跟人类建立起同盟关系,更声称有一个巨大的星球即将撞上地球。但是在尾崎真一还有道格拉斯等人的调查之下,发现根本就没有神秘星球要撞击地球。而那些怪兽根本就是外星人侵略地球所释放的,X星人根本是要把人类当作粮食来利用。虽然外星人的真面目被揭穿,但是外星人拥有不可思议的超能力,还有手下听命於外星人的巨大怪物。地球防衞军最後被歼灭,只剩下轰天号还苟延残喘著。此时,道格拉斯想出一个大胆的计策,就是解开南极哥斯拉的封印,让代表地球最强大怪物的哥斯拉,去面对这些外星来的侵略者....