故事的开始,柯南身份被Gin(琴酒)和Vodka(伏特加)识破并被擒住,小兰眼看就要遭遇毒手……原来是一场梦。
小五郎被请去参加警视厅召开的案件侦破会,发现里面的警察都是熟面孔……
警视厅的松本警视、静冈的横沟警部(哥哥),神奈川的横沟警部(弟弟),群马的山村警部(爆!他居然比佐藤升得还快!真的像柯南想得一样“群马县警署,没问题么?”在举了N久警官证后才被小五郎发现……悲剧啊)、
长野的大和警部,埼玉的荻野警部(某惜认为是个有着危险气息的新人物)、京都的绫小腊此路警部,长野的上原刑事。
当然还有永远都少不了的,东京的目暮(貌似每次都能见到他啊……)、白鸟、佐藤、高木跟千叶。
需要侦破的案件是发生在东京以及周边省县的连续杀人案,死者们身份看不出什么共同点,但是他们死后都被拿走了一件随身物品,却留了张麻将牌在身边。(还都是七饼……只不过红色的圈的位置不同,背面的纹样不同)
期间柯南说千叶好像瘦了,千叶很高兴的大讲特讲。而小五郎则说白鸟好像胖了,白鸟很尴尬:“别开玩笑好么?我也是每周去两次健身房的呢!”还有横沟兄弟的口味变化(是不是为谁是冒牌者增添了悬念呢?)
侦破会后,山村随口唱着《七つの子》(七子之歌),原因是在厕所里听到有人用手机按出了相似的声音,柯南震惊追出去一看,一人走进了黑色保时捷356A。
柯南从而确定侦破会的众多参与者当中,混有易容高手贝尔摩德。
后在商厦追捕嫌疑犯时,柯南发现被作为人质劫持的人居然也是贝尔摩德假扮的,营救之后找她问事情原由。
原来是被害者当中一人被拿走的物品当中,夹带着组织里的NOC名单(存在一张SD卡中)。
柯南看到Vermouth(贝尔摩德)也得出结论,潜伏在警察当中的人是他人假扮,而被替换的人是谁呢?(秘密!说出来就没意思了)
而这时一个神秘的黑衣组织成员Irish,正在紧锣密鼓的调查柯南的身份,也得出柯南=新一的结论。(通过黑衣裂郑骑士面具上新一的指纹,跟美工课柯南捏的海豚上的指纹对比)
之后演出了一出黑衣组织阻拦警察去最后一个受害者家的狙击戏,当Chianti(基安蒂)的枪瞄准高木说了句“郎才”,而korn(科恩)的枪瞄准佐藤说了句“女貌”,两人同时射击时,还好只是车轱辘被打爆了。佐藤也感觉出那是狙击,跟高木说了,可是单纯的高木说她应该是多心了(高木那个表情很容易让人怀疑混入的就是他……)。可佐藤还是怀疑警察队伍里混了奸细(敏感而警觉的女人啊)。
佐藤、高木在博士、小哀跟侦探队的联系之后,成功解救被调换、关押了10天的人物(是松本警长)。
故事的最后柯南在服部、灰原的帮助下,推理出连续杀人案的凶手会出现在东京塔,赶去、遇到凶手、又遇到假扮警察的Irish,对方已经拿到了卡片。
就在柯南遭遇危险时小兰出现了,她想起新一说的话成功躲避了子弹,但因为被Irish半垂下来的面具吓到,最终被打倒了(但勇气可嘉!)。
柯南为了保护小兰引Irish来到东京塔顶,从他的话里得知自己身份已被拆穿,但是Irish不想杀死他,而是要带柯南去见“那位大人”,以琴酒的重大过失来扳倒琴酒,因为琴酒轻易的就杀死了那个Irish当做父亲般尊敬的pisco(匹斯克)。所以他并没有将柯南的真实身份说出去~~~就在他要擒住柯南的时候,Gin(琴酒)等人乘直升机赶来,求证Irish已经拿到名单。可是就在Irish拿出名单的SD卡,在琴酒的要求下不断向前走之后,基安蒂开枪打穿了SD卡跟他的胸膛……
柯南想救Irish,这时Irish明白了贝尔摩得为何要掩护柯南,他说:“工藤新一,你只要一直追查真相就好!”然后他就为了保护柯南被打死了……之前Irish还说了一句:“工藤新一,怪不得Vermouth(贝尔摩德)迷上你了!”(魅力真大,上到中年妇女,下到七岁小娃...)
之后Gin(琴酒)抓狂了,开始用飞机上的机关枪疯狂扫射,直升机的探照灯不停的照到躲避中的柯南,机枪一次次的从他身边扫过,可是仅仅只是打中一下。而Gin(琴酒)还有飞机中的其他三人,居然都没有看到柯南。就在柯南被逼入绝境(真面目快给看到了)的时候,巧用博士的新发肆局颂明(改进版的绳索吊带,可伸缩100米……真不知道咋造出来的),不但脱险,还打中了Gin(琴酒)的飞机,使机尾着火(是把被机关枪射落的射灯用伸缩吊带弹射出去打中直升飞机尾部……强悍!)。
众多警察赶到,营救成功~~~欢喜大结局!
看到飞机坠落、爆炸,骑着机车在周围转的Vermouth(贝尔摩德)不禁露出笑容:“真不愧是银色子弹呀!”
后来柯南得到消息,直升机的残骸中没有任何人的遗体……也就是说,肯定是在坠落前跳伞离开了直升机。