是这个意思啦，that之后的部分是宾语从句，也就是名词性从句中的一种。有些形容词后面可以接上that从句，that在口语中经常省略。这样的形容词除了sure以外，还有happy, glad, afraid, pleased, satisfied, surprised,amazed,proud等,例如：I'm happy that he is back.
sure 这个词本身在肯定句否定句里都是可以用的，这一点绝对毋庸置疑。至于你说的用于肯定句的用法，所以我猜测你的参考书意思应该是说be sure+that的结构多用于肯定句（用于否定句一般来说不用that,用if\whether更好. ），而不是sure不能用在否定句疑问句中。
例如：肯定句I'm sure that he will come.
否定句I'm not sure if\whether he will come.
而你说到的Are you sure that...这是正确的句子，它本质上就是I’m sure that的一般疑问句啊,没有问题。
这里的 that是一个代词，而不是先行词
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