浙江大学医学院附属第二医院拥有临床和医技科室51个，拥有卫生部临床重点专科13个，教育部重点学科1个，重点培育学科1个，包括肿瘤、眼科、心血管内科、外科、骨科、神经外科、神经内科、急诊医学科、皮肤科、呼吸科、烧伤科、过敏科和护理学。
