H5N6禽流感病毒 于2014年5月南充市在检测1例重症肺炎病例咽拭子标本时，检测出H5N6禽流感病毒核酸阳性，经中国疾病预防控制中心进一步检测确定为H5N6禽流感病毒。
2014年5月，H5N6禽流感病毒病例是一名49岁的男性患者，有病死家禽接触史，家住南充市南部县，临床诊断为急性重症肺炎，经省、市联合专家组全力抢救无效死亡。
2014年12月22日，广东省卫生计生委从1例重症肺炎病例中检测出H5N6禽流感病毒核酸阳性，中国疾病预防控制中心进一步复核检测结果为甲型H5N6禽流感病毒核酸阳性。患者为男性，58岁，现住广州市番禺区，曾于去年进行结肠癌手术，目前病情危重，在广州市的定点医院收治住院。1月中旬，该患者被成功救治，转入普通病房。1月30日，全球首例H5N6流感活体病例成功救治情况通报会在广医一院举行。钟南山院士在会上指出，检测发现H5N6病毒聚合酶627位点突变，容易感染人类；首例成功救治个案证实，新病毒只要及早用奥司他韦等抗病毒，病例可治可救。
2015年7月9日，云南省卫生计生委从1例重症肺炎病例中检测出H5N6禽流感病毒核酸阳性。患者为女性，37岁，住迪庆藏族自治州香格里拉市，7月6日发病，7月9日到迪庆州某医院就诊，并收入该院治疗；7月10日，患者经积极抢救无效死亡。7月11日，经组织专家进行会诊和研判，结合病例的临床表现、实验室检测结果以及流行病学史，诊断该病例为人感染H5N6禽流感病例。
2015年8月12日，广东省农业部兽医局接到通报，通报中指出广东清远一家养殖场出现疑似H5N6禽流感。接到通报后，该农业部兽医局立刻组织人员前去调查。最终被证实该养殖场禽鸟确实得了H5N6禽流感。将近3万只禽鸟已经被扑杀处理。
2015年12月29日，深圳报告的一例H5N6流感病例患者，因抢救无效，已于12月30号下午死亡。 据深圳疾控中心有关负责人介绍,本次病例是因接触活禽或市场外环境感染。吴某所到的市场被要求活禽交易休市。
2016年1月1日，肇庆市发现1例H5N6病例。患者何某，女，40岁，现住肇庆市端州区。患者病情危重，在肇庆市的定点医院隔离治疗。
2016年1月7日，广东省卫生计生委通报，深圳市报告1例H5N6病例。患者蔡某，男，25岁，现住深圳市龙岗区。患者病情较重，在深圳市的定点医院收治住院。
2016年1月10日，从江西省卫生计生委获悉，江西省在常规重症肺炎病例监测中发现1例H5N6病例，该患者因抢救无效死亡。该男性患者42岁，住广东省揭阳市，有接触史和活禽经营市场暴露史。因抢救无效于江西赣州市某医院离世。所有密切接触者未出现异常。
2016年1月21日，深圳市卫生计生委通报称，深圳市报告第3例H5N6流感病例。患者王某，女，31岁，现住在深圳市福田区。2016年1月8日发病，14日起在指定医院住院，病情危重。深圳市卫计委正组织专家指导全力抢救，病情暂时稳定。
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