1、保障人群不同
城乡居民医疗保险的保障对象是没有工作的居民，和没有参加城镇职工医疗保险的城镇未成年人；
新农合的保障对象主要就是农村农民。
2、保障力度不同
城乡居民医疗保险的起付线，比新农合高，在大医院的报销比例也比新农合高；而新农合在乡镇卫生院的报销费用就比较高；
城乡居民医疗报销的缴费是每个月都要交，最高可以报销70%，新农合是一年交一次，最高报销30%。
3、是管理的部门不同
城镇居民医保主要由人社部门管理，新农合多数地方由卫生部门管理。
4、是保障待遇的侧重点不同
城镇居民医保主要保住院和门诊大病兼顾普通门诊，所以住院及门诊大病待遇都要高于新农合。新农合的门诊待遇水平要高于城镇居民医保。
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