1971年创办于安徽省合肥市，并由启功先生亲笔题写校名。首任校长为张春江女士， 历任校长分别是朱世力、李萼、徐六如、关胜新、夏文彧、李蓓。
科大附中坐落于学术气氛浓厚、风景优美如画的中国科学技术大学校园内， 2013年小学部、中学部已全部搬迁至南校区。
科大附中是一所包括小学、初中、高中三个学段的完全学校。于1984年实施学制改革，是全国率先实行“五四学制”（即小学五年、初中四年）的学校之一。优越的学制为积极推进素质教育提供了极为有利的条件。
(注：五四学制在2010年取消，即2011届毕业生为初三)
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