A、由于蛋白质分子的氨基酸的种类不同，数目成百上千，排列的次序变化多端，空间结构也千差万别，所以蛋白质分子本身具有多样性，能体现生物的多样性，是生物多样性的直接原因，但不是根本原因，A错误；
B、DNA多样性决定RNA具有多样性，因此信使RNA分子结构的多样性也不是根本原因，B错误；
C、从遗传学角度看，生物多样性的根本原因在于遗传物质（DNA）具有多样性，这是生物多样性的根本原因，C正确；
D、不同生物DNA的多样性决定细胞结构的多样性，同一生物不同细胞结构多样性的根本原因是基因的选择性表达，D错误．
故选：C．
C.DNA分子结构的多样性
A
肯定是A
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