您说的毛菌指的是不是毛霉？
醋酸菌和乳酸菌都是原核生物，毛霉和酵母菌都是真核生物。这是最广义的分类方式。
代谢类型不太好说，因为这些名字都代表一类生物，下面分支的种很多，不同的种有不同的代谢方式。总的来说，大多数醋酸菌属于兼性厌氧；毛霉属于好氧；乳酸菌兼性厌氧或厌氧，酵母兼性厌氧。所有的他们都是异养微生物。
参与醋酸发酵的微生物主要是细菌，统称为醋酸细菌。它们之中既有好氧性的醋酸细菌，例如纹膜醋酸杆菌（Acetobacter aceti），氧化醋酸杆菌（Acetobacter oxydans），巴氏醋酸杆菌（Acetobacer pasteurianus），氧化醋酸单胞菌（Acetomonas oxydans）等；也有厌氧性的醋酸细菌，例如热醋酸梭菌（Clostriolium themoacidophilus），胶醋酸杆菌（Acetobacter xylinum）等。里面不同的菌根据分类标准不同，生物学分类也不同。
醋酸杆菌、乳酸杆菌属于不产芽孢的、形状规则的革兰氏阳性杆菌（细菌）。醋酸杆菌好氧属于化能异养型，乳酸菌呈发酵途径，化能异养型。
毛霉和酵母菌属于真菌，化能异养型
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