二者功能不同，导致了这样的差异。
1.钠钾泵（简称钠泵）的功能是调节细胞内外钠离子与钾离子的浓度、维持“内负外正”的静息电位，形成细胞内的高钾环境。
2.钙泵种类较多，钙泵对肌肉的收缩起到十分重要的作用，细胞内钙离子浓度的轻微变化，就会对肌肉收缩的强度产生较大影响。
细胞膜上的钙泵有助于细胞内外钙离子的运输；
内质网作为胞内钙离子的重要储存位置，其上也具有相应钙泵，作为胞内钙离子来源。
不同的肌细胞（如骨骼肌与心肌），参与肌肉收缩的钙离子来源会略有不同。既可以以胞外钙离子来源为主，胞内内质网来源为辅；也可以是以胞内内质网来源为主，胞内内质网来源为辅。
总而言之，钠钾泵的主要作用是调节细胞内外离子浓度（钠离子、钾离子），因此只存在于细胞膜上，而在具备发达内质网的肌细胞中，钙泵既存在于细胞膜上转运胞外钙离子，又可存在于内质网上参与胞内钙离子释放（值得指出的是钙泵种类较多，且多种肌细胞胞内钙离子来源侧重各有不同）。
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