基于共聚焦显微技术的显微镜和荧光显微镜的区别：
荧光显微镜主要应用在生物领域及医学研究中，能得到细胞或组织内部微细结构的荧光图像，在亚细胞水平上观察诸如Ca2+ 、PH值，膜电位等生理信号及细胞形态的变化，是形态学，分子生物学，神经科学，药理学，遗传学等领域中新一代强有力的研究工具。
以共聚焦技术为原理的共聚焦显微镜，是用于对各种精密器件及材料表面进行微纳米级测量的检测仪器。
材料科学的目标是研究材料表面结构对于其表面特性的影响。因此，高分辨率分析表面形貌对确定表面粗糙度、反光特性、摩擦学性能及表面质量等相关参数具有重要意义。共焦技术能够测量各种表面反射特性的材料并获得有效的测量数据。
基于共聚焦显微技术的共聚焦显微镜，结合精密Z向扫描模块、3D 建模算法等，可以对器件表面进行非接触式扫描并建立表面3D图像，实现器件表面形貌3D测量。在材料生产检测领域中能对各种产品、部件和材料表面的面形轮廓、表面缺陷、磨损情况、腐蚀情况、平面度、粗糙度、波纹度、孔隙间隙、台阶高度、弯曲变形情况、加工情况等表面形貌特征进行测量和分析。
1.MEMS
微米和亚微米级部件的尺寸测量，各种工艺（显影，刻蚀，金属化，CVD， PVD，CMP等）后表面形貌观察，缺陷分析。
2.精密机械部件，电子器件
微米和亚微米级部件的尺寸测量，各种表面处理工艺，焊接工艺后的表面形 貌观察，缺陷分析，颗粒分析。
3.半导体/ LCD
各种工艺（显影，刻蚀，金属化，CVD，PVD，CMP等）后表面形貌观察， 缺陷分析 非接触型的线宽，台阶深度等测量。
4.摩擦学，腐蚀等表面工程
磨痕的体积测量，粗糙度测量，表面形貌，腐蚀以及亚微米表面工程后的表面形貌。
荧光显微镜(Fluorescence microscope) ： 荧光显微镜是以紫外线为光源， 用以照射被检物体， 使之发出荧光， 然后在显微镜下观察物体的形状及其所在位置。荧光显微镜用于研究细胞内物质的吸收、运输、化学物质的分布及定位等。 细胞中有些物质，如叶绿素等，受紫外线照射后可发荧光；另有一些物质本身虽不能发荧光，但如果用荧光染料或荧光抗体染色后，经紫外线照射亦可发荧光，荧光显微镜就是对这类物质进行定性和定量研究的工具之一。
激光扫描共聚焦荧光显微镜(laser scanning confocal microscopy,LSCM)是一种利用计算机、激光和图像处理技术获得生物样品三维数据、目前最先进的分子细胞生物学的分析仪器。主要用于观察活细胞结构及特定分子、离子的生物学变化，定量分析，以及实时定量测定等。
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