首先应当由患方和医方共同选定鉴定机构。在双方不能协商一致的情况下，由法院指定。
《人民法院对外委托司法鉴定管理规定》第十条
人民法院司法鉴定机构依据尊重当事人选择和人民法院指定相结合的原则，组织诉讼双方当事人进行司法鉴定的对外委托。
诉讼双方当事人协商不一致的，由人民法院司法鉴定机构在列入名册的、符合鉴定要求的鉴定人中，选择受委托人鉴定。贵法院直接指定鉴定机构，违反上述规定的相差程序。
司法鉴定如果是在法院主持下委托,那么有三种方式:1、原告与被告双方商议共同委托一机构司法鉴定；2、由抽签的方式从待选的三个机构中任选一个作为鉴定机构；3、原告与被告让法院来指定司法鉴定机构。
法院有鉴定机构名册，名册一般由省一级法院编制。法官会给出几个司法鉴定机构，双方选，最好选权威的。鉴定的结论如果一方不认同，可以申请重新鉴定。
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