微生物菌肥是在有机肥的基础上增加了有益微生物的肥料，有益微生物主要包括固氮、解磷、解钾、抗病源菌、抗重茬之类的菌株，不同品牌的微生物菌肥具有的功能也不尽相同。从登记程序来看，微生物菌肥需要到农业部登记，有机肥在省土肥站就能登记。
微生物菌肥是里面加入了有益微生物菌类的肥料，有机肥则没有加。申请的程序也不一样。
