] 「本文」的日语正确读音是

ほん‐もん【本文】

1 序文・跋文 (ばつぶん) ・注解・付録などに対して、书物の主たる内容をなす部分の文章。ほんぶん。
2 注釈や訳文に対して、そのもととなる文章。原文。
3 典拠となる古典などの文句。

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使い分けているのではなく、「ほんもん」と読む人は常に「ほんもん」と読み、「ほんぶん」と読む人は常に「ほんぶん」と読んでいるのでしょう。

同様に、「テキスト」と言う人は常に「テキスト」と言い、「テクスト」と言う人は常に「テクスト」と言っているのでしょう。
つまり、その人その人のの流仪として一定していると思います。
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2种都可以 但似乎生活中用的更多的是ほんもん？

ほんぶん【本文】
（1）〔主な文〕正文zhèngwén．
¶条约の～/条约的正文．
¶～を参照せよ/（请）参看正文．
¶～だけで100ページの论文/光正文就有一百页的论文．⇒ほんもん
（2）〔もとの文〕原文yuánwén,本文běnwén．
ほんもん【本文】
（1）〔主となる文〕正文zhèngwén．
（2）〔よりどころとなる文〕本文běnwén,原文yuánwén．
¶～批评/考证辨别biànbié原本真伪．⇒ほんぶん（本文）