南京市口腔医院现为中国医师协会口腔医师分会副会长单位，江苏省口腔医学会会长单位，江苏省口腔科医疗质量控制中心主任单位，江苏省口腔临床医学继续教育与口腔住院医师规范化培训中心，江苏省口腔执业医师临床技能定点考核机构，江苏省抗癌协会头颈肿瘤外科专委会挂靠单位，国家医师资格考试实践技能考试与考官培训基地（口腔类别），国家药物临床试验机构。
