第一季：
1、第1集 学园都市
这是一座占据东京西方大部分区域的巨大都市。由于230万居民之中有八成是学生，因此这里被称为“学园都市”，而且居住在这里的学生们，必须接受开发超能力的特殊教育。
学园都市的某名高中生上条当麻，被判定为及格边缘的无能力者（LV0），因为他的右手拥有“消除所有异能之力”的神秘力量。
2、第4集 完全记忆能力
追捕茵蒂克丝的魔术师，并不是只有史提尔而已。手持长刀的女性魔法师神裂火织，以高超的剑技压制住上条。神裂希望在杀掉上条之前就能将茵蒂克丝带回“保护”，虽然伤痕累累的上条依然拼命反抗，然而面对神裂使用的魔术“七闪”，也只能束手无策倒地不起。
3、第10集 姐姐-御坂美琴-
由于被卷入茵蒂克丝的事件，上条没有去参加暑修，因此即使现在是八月下旬，他依然每天要过著补习的生活。在放学回家的途中，自动贩卖机吃钱的不幸再度降临到他的身上，此时就读常盤台中学的放电国中生御坂美琴出现了。
4、第11集 妹妹们 -Sisters-
上条带著捡到的黑猫，与御坂前往中古书店寻找养猫相关的书籍。买完书走出店门口一看，外头只剩下受到惊吓的黑猫，御坂则是不见踪影。觉得状况不对劲的上条，在小巷子里发现了倒在血泊之中，身穿常盤台中学制服的少女──御坂妹。
5、第12集 绝对能力 -Level 6-
御坂表示自己是美琴的复制人，负责在“实验”里担任被杀的角色。为了确认这些“妹妹们”与这个“实验”的真相，上条前往美琴的住处，并且得知美琴被卷入的事件内容，因而连忙外出寻找美琴。
6、第13集 一方通行-Accelerator-
打算牺牲自己拯救“妹妹们”的美琴，毫不留情朝著挡路的上条使出雷击，然而上条完全没有使用右手的意思。美琴询问他为何要不惜这麼做，上条则是说出了一个令人意外的想法。
7、第15集 天使坠落-Angel Fall-
身为LV0却打倒一方通行，使得上条一下子变成名人，因此理事会命令他在事情平息之前暂时离开学园都市。明明没有身分证，却不知为何可以顺利离开学园都市的茵蒂克丝，就这麼和上条一起来到了理事会安排的温泉旅馆“海神”，小萌老师也好意安排上条的家人与他会面。
8、第18集 冒牌货-复制品-
暑假的最后一天，上条面对空白的暑假作业陷入苦战。另一方面，御坂美琴则是过着一如往常的生活。在照例出门要到便利商店看免费漫画的时候，一名男性在学校宿舍的门口等待著她。
9、第21集 真相不明-Counter Stop-
上条的漫长暑假终于结束，新的学期就此开始，寄住在小萌老师家的姬神秋沙，以转学生的身分进入上条的班级。
10、第22集 石巨人-Golem-
放学之后，上条、茵蒂克丝与风斩一起前往地下街。三人一起吃饭一起玩，茵蒂克丝与风斩还换上《魔法少女加奈美》的衣服拍照，可说是玩得相当开心，不过担任风纪委员的少女却叫住了他们，表示由于要逮捕入侵学园都市的恐怖份子，地下街即将暂时封锁。
11、第23集 风斩冰华-朋友-
地下街陷入混乱的局面。与上条分头行动的风斩，遇见了潜入学园都市的魔法师雪莉．克伦威尔召唤的石巨人。在千钧一发之际，从小萌老师口中得知风斩秘密的上条赶来了
12、第24集 虚数学区．五行机关
没能打倒上条与风斩的雪莉，将目标改成了茵蒂克丝，上条与风斩则是各自展开保护茵蒂克丝的行动。
第二季：
1、第08话 大霸星祭
学园都市所有学校共襄盛举的大规模运动会“大霸星祭”。这是学园都市少数对外开放的活动，还没开幕就已经盛况非凡，一如往常被美琴缠上的上条，答应了“输了就愿意听对方的任何命令”这个条件，以大霸星祭的各校总成绩一决胜负。
2、第11话 刺突杭剑
“刺突杭剑”的真相是“使徒十字”，上条等人因而得知了丽多薇雅的真正目的。要是茵蒂克丝采取行动，外界的魔法师将会入侵，为了不让她发现这个事件，上条和父母、茵蒂克丝、美琴以及美琴的母亲美铃共进午餐还因为美琴和黑子误会，遭受到不讲理的攻击。
3、第17话 惩罚游戏
大霸星祭的某项约定即将实现，使得美琴每晚享受着舒适睡眠与美好梦境，同房的黑子则是被这位心爱姐姐大人的甜美梦话，影响得每晚苦恼难耐无法阖眼。另一方面，一方通行与最后之作出院之後，借住在芳川的某个朋友家。
第一季：1、4（和黑子打酱油）、10、11、12（寻死被阻止美琴党必看）、13、14（众人合力对战最强Lv.5一方通行)、15（变成当麻的严重兄控的妹妹虽然美琴很萌不过当麻的反应更有爱）、18（和当麻去约会结果被半路杀出来的暗杀者艾扎利给搅了）、21、22、23、24（最后几集是初遇Index美琴吃醋的样子好萌）
第二季：第六集到第11集间歇出现，第17集到最后间歇出现。出现最多的是第8集和第17集。。。也就是惩罚游戏和大霸星祭那几集
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