1。研究院的主张不合法。因为上述所称的资料，即便是以往工作内容的具体描述，被孙某在这次发明中加以了利用，由于这些资料属于非保密内容，研究院也没有与孙某签署保密协议，因此是可以公开利用的。研究院应当通过这个案例，加强对自身知识产权的管理工作。职务发明和这个情况不同，职务发明是指发明人还在岗位上，享受着单位的各项报酬和福利、占用劳动时间、直接取得岗位的资料与设备等条件。
2。孙某是专利所有人，他有权处分自己的知识产权。因此可以转让给第三方。
3。实验过程中，只有对专利的实质性的内容作出贡献的人，才有权提出共享专利的问题。而本案例中，孙的助手仅提供了原始资料、设备，而这些东西并非该员所有，也没有介入专利创造性劳动过程，更没有占有实质性贡献，因此是没有权利的。
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