生鲜经营是永辉最大的特色：永辉各门店的生鲜经营面积都达到40%以上，而且果、蔬、禽、肉、蛋、鱼等品种一应俱全；在集团总销售额中，生鲜农副产品的销售额占到总销售额50%以上。永辉的生鲜经营之所以有强大的竞争力，首先源于其在商品陈列、气氛营造方面体现出的专业素质，在肉品分割上，一般超市是分割好了，等着顾客来买。永辉则是现场分割，顾客要哪块就给切哪块，真正满足了顾客的餐桌需求。
其次，是因为永辉在上游供应链中的独到之处。与国内许多大超市自己不敢直接经营生鲜产品，仍然主要依靠批发商供货（这些批发商通常是“三批”甚至“四批”，他们大多并不从产地直接采购，而是在当地直接购买已经几经转手的商品）或与厂商联营不同，永辉坚持所有生鲜商品自己直营，并在全国建立起20多个采购基地，以现款直接去农户家采购。比如永辉在采购海鲜商品时，会直接把采购船开到海中渔船的旁边，实现直接采购，这也是永辉在水产商品经营中罕有对手的原因。在水果采购中，永辉常常是把整个果园包下，自己进行水果的等级分捡，低等级的放进卖场做促销 。
通过其足够的规模和实力，直接针对生产者的现款采购，永辉确立了采购的品种优势和对抗农贸市场的价格优势。当马路市场中的西瓜还是1元的时候，永辉门店中的西瓜却可以以0.12元的价格进行大量促销。针对生鲜的保鲜期较短，损耗大的特点，永辉降低损耗的办法是，根据销售情况，随时理货。在其他很多超市里，冷冻肉是一天摆放一次，而在永辉，每2小时，理货员就要补一次货，甚至是随时补货。每一种生鲜商品不会一次摆放很多，如猪排骨，一次就摆放5块左右，然后根据销售状态，现卖现补 。
通过如此集中管理和陈列，永辉生鲜产品的损耗最低可控制在3%左右，而许多超市甚至会达到20%。损耗的减少在帮助永辉以更便宜的价格回馈消费者的同时，也使得永辉经营生鲜商品的毛利提高。
密集布点，频繁配货也是永辉谋求更低成本的方式之一。针对同一地区的多家店，永辉的配送车队一天的配送频率可以达到3次之多，由于送货频率较高，某一单品一次送好几家店，能很快被消化掉，也降低了物流成本。支撑这一切的，是因为永辉有一个其他超市所不具备的生鲜经营团队，在这个团队中有一大批生鲜管理专家、采购专家、水产养殖专家。
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