A、噬菌体侵染细菌的过程中，原料和酶来自细菌，模板来自噬菌体，A错误；B、模板来自噬菌体，酶、核糖体和氨基酸原料来自细菌，B错误；C、指导蛋白质合成的DNA来自噬菌体，氨基酸原料来自细菌，C错误；D、噬菌体侵染细菌的过程中，只有DNA进入细菌，所以指导蛋白质合成的DNA来自噬菌体，核糖体、氨基酸原料和酶，由细菌提供，D正确．故选：D．
