益生菌副作用很少，最常见的副作用是过敏反应，与过敏体质有关，胃肠道不适，导致恶心呕吐等，很少造成肝肾功能损害。
酸奶中添加的菌群虽然“名目繁多”，但作用大同小异，主要是有利于人体消化吸收。不过，由于菌群需在低温冷藏条件下才能存活，在酸奶运输、销售等环节中会死掉一部分，所以包装上标明的活菌群的数量与销售、饮用时的数量是不一致的。另外，如果摄取过多也会破坏人体肠道中的菌群平衡，反而使消化功能下降。
据了解，也有一些乳酸菌对人体是有害的。益生菌是指活的微生物，它们有的耐酸能力强，可以经受住人体胃酸的考验，有的能在人体肠道中稳定繁殖一段时间，为人体肠道健康服务。
人体内的微生物以细菌为主，大约有400~500种之多，它们在体内有几十万亿到百万亿个，重量为1.5~2公斤，其中大多集中在肠道中。肠道中的微生物菌群可以粗略分为有益菌、有害菌和利害均备的菌，肠道内的微生物需要维持微生态平衡，然而衰老、疾病、抗生素治疗等诸多因素会引起肠道内微生态不平衡，从而导致人体疾病。
研究发现通过人为的补充活性有益菌群，不但可以调节肠道微生态的不平衡状态，使其趋于平衡，恢复和保持人体健康。还可以增强人体免疫力；促进肠道蠕动，帮助消化；抑制腐败菌的生长；降低直肠癌和结肠癌的危险；促进矿物质特别是钙的吸收；有助于乳糖不耐受人群（喝牛奶后常感觉腹胀或拉肚子的人）的乳糖消化；预防由病毒或沙门氏菌引起的腹泻；预防过敏等等。
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