电子显微镜有与光学显微镜相似的基本结构特征，但是光学显微镜的放大倍数有限，细胞中只能观察到细胞核，细胞膜等。电镜是用电子来作为工具，通过电子与物体衍射作用工作，所以能观察到更细微的结构，比如所谓的亚显微结构，像是细胞器电子显微镜可以看到而光学显微镜无法看到。
光学显微镜就是平常我们做实验用的，可以看到细胞，但细胞的显微结构是看不到的。而电子显微镜比光学显微镜高级，课本中的亚显微结构图是用它观察得到的。
电子显微镜可以看到亚显微结构，而光学显微镜则看不到。说白了，电镜可以看得更小！细胞器水平的，膜，等结构，只有电镜可看到，若说光学显微镜下看到的话，是错误的
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