在舅舅的资助下，哥白尼18岁时进入克拉科夫大学学习医学。在学校，他受到人文主义者、数学教授布鲁楚斯基的熏陶，对天文学产生了浓厚的兴趣。1496年，哥白尼来到文艺复兴的策源地意大利。在这里，他遇见了对自己一生产生深远影响的天文学家福雷朗西斯。在他的谆谆教诲下，哥白尼对天文学由兴趣爱好转向了观测和研究，并抱定献身天文研究的志愿。
受舅父的推荐，哥白尼于1497年被选为弗龙堡大教堂僧正。四年后，他从意大利回国，正式宣誓加入神父团体，旋即请假再次去意大利，在帕多瓦大学学习法律与医学。1503年，哥门尼在费拉拉大学获得教会法博士学位。
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