泰宁地质公园内水系发育，属闽江上游支流，主要水系有金溪及其濉溪、杉溪、铺溪3条支流，汇集于泰宁。
蜿蜒曲折的中年期河流与峡谷陡峭的幼年期河流相结合，是区内河流的基本特点，公园内以发育深切峡谷曲流为特色。深切曲流深邃幽长，两岸丹崖高耸，赤壁对峙，一派奇险峻伟的景象。
泰宁地质公园内的湖泊主要有金湖、小金湖、九龙潭及金龟寺堰塞湖等，山因水儿雄，水为山而秀，湖光山色相映成趣，这些湖泊为地质公园锦上添花。泛舟湖上，碧水映丹山，无不令人心旷神怡。
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