2009年1月，经党中央、国务院批准，中共中央办公厅、国务院办公厅印发了《新疆维吾尔自治区人民政府机构改革方案》。自治区人民政府机构改革后，设置工作部门42个，其中政府办公厅和组成部门27个、直属特设机构1个、直属机构14个，另设置部门管理机构（规格为副厅级）6个。
新疆维吾尔自治区政府办公厅 主词条：新疆维吾尔自治区政府办公厅新疆维吾尔自治区政府办公厅是协助自治区人民政府领导同志处理自治区人民政府日常工作的机构。根据中共中央办公厅、国务院办公厅《关于印发新疆维吾尔自治区人民政府机构改革方案的通知》(厅字〔2009〕7号)，设立新疆维吾尔自治区人民政府办公厅(自治区人民政府参事室)，挂自治区人民政府参事室牌子，为协助自治区人民政府领导同志处理自治区人民政府日常工作的机构。强化服务职责，加强应急、督查和电子政务工作，进一步发挥参谋助手和运转枢纽作用。增加指导、监督全区政务公开工作的职责。
新疆维吾尔自治区政府组成部门 主词条：新疆维吾尔自治区政府组成部门新疆维吾尔自治区政府组成部门（25个）新疆维吾尔自治区发展和改革委员会 新疆维吾尔自治区经济和信息化委员会 新疆维吾尔自治区教育厅 新疆维吾尔自治区科技厅 新疆维吾尔自治区民族事务委员会（宗教事务局） 新疆维吾尔自治区民族语言文字工作委员会 新疆维吾尔自治区公安厅 新疆维吾尔自治区监察厅 新疆维吾尔自治区民政厅 新疆维吾尔自治区司法厅 新疆维吾尔自治区财政厅 新疆维吾尔自治区人力资源和社会保障厅 新疆维吾尔自治区国土资源厅 新疆维吾尔自治区环境保护厅 新疆维吾尔自治区住房和城乡建设厅 新疆维吾尔自治区交通厅 新疆维吾尔自治区水利厅 新疆维吾尔自治区农业厅 新疆维吾尔自治区林业厅 新疆维吾尔自治区畜牧厅 新疆维吾尔自治区商务厅 新疆维吾尔自治区文化厅 新疆维吾尔自治区卫生厅 新疆维吾尔自治区人口和计划生育委员会 新疆维吾尔自治区审计厅自治区外事办公室（侨办） 新疆维吾尔自治区直属特设机构 主词条：新疆维吾尔自治区直属特设机构新疆维吾尔自治区人民政府国有资产监督管理委员会，为自治区人民政府直属正厅级特设机构。自治区人民政府授权自治区国资委代表自治区人民政府履行出资人职责。自治区国资委党委履行自治区党委规定的职责。加强指导推进国有企业改革和重组的职责，加快国有经济布局和结构调整，推动国有资本更多地投向关系国家安全和国民经济命脉的重要行业和关键领域。强化国有资产经营财务监督、风险控制和经济责任审计的职责，进一步完善所监管企业经营业绩考核制度，促进企业履行社会责任。
新疆维吾尔自治区直属机构 主词条：新疆维吾尔自治区直属机构新疆维吾尔自治区直属机构自治区人民政府研究室（发展研究中心） 自治区安全生产监督管理局 自治区广播电影电视局 自治区体育局 自治区统计局 自治区工商行政管理局 自治区新闻出版局（版权局 ） 自治区粮食局 自治区质量技术监督局 自治区食品药品监督管理局 自治区金融工作办公室 自治区旅游局 自治区机关事务管理局 自治区人民政府人民防空办公室 自治区扶贫开发办公室 自治区地方税务局 新疆维吾尔自治区管理机构 主词条：新疆维吾尔自治区管理机构新疆维吾尔自治区管理机构自治区国家保密局 自治区人民政府法制办 自治区贸易行业管理办公室 自治区知识产权局 自治区监狱管理局 自治区乡镇企业管理局 自治区文物局 自治区煤田地质局 自治区社会保险管理局 自治区劳动教养管理局 自治区移民局 自治区农牧业机械管理局 自治区纺织工业行业管理办公室 自治区机械电子工业行业管理办公室 自治区石油化学工业行业管理办公室 自治区人民政府研究发展中心 自治区建筑材料行业管理办公室 自治区轻工业行业管理办公室 新疆维吾尔自治区政府议事办事协调机构
自治区减轻企业负担领导小组办公室
自治区减轻企业负担领导小组及其办公室是根据《中共中央国务院关于治理向企业乱收费、乱罚款和各种摊派等问题的决定》（中发[1997]14号）和《自治区党委办公厅、自治区人民政府办公厅关于治理向企业乱收费、乱罚款和各种摊派等问题的通知》（新党办[1997]27号）精神，经自治区人民政府批准成立的。 主要职责是：负责自治区治乱减负的工作指导、清理整顿、监督检查、综合协调及办公室的日常工作；组织审核须报请自治区人民政府审批的项目；调查了解治理工作进展情况和存在问题，提出有关政策措施；负责领导小组会议筹备及有关文件的起草工作；负责清理向企业的各种摊派；组织有关政策问题的调研；会同有关部门调查处理典型案件及承办领导小组交办的其它工作。
新疆维吾尔自治区驻外机构 主词条：新疆维吾尔自治区驻外机构上海办事处、天津办事处、深圳办事处、广州办事处、浙江办事处、山东办事处、西安办事处。
中央驻自治区政府机关 中央驻自治区政府机关（15个）新疆煤炭工业管理局（煤矿安全监察局）新疆维吾尔自治区地震局新疆维吾尔自治区邮政局乌鲁木齐海关新疆维吾尔自治区国税局民航乌鲁木齐管理局新疆维吾尔自治区通信管理局中国证券监督管理委员会新疆监管局新疆出入境检验检疫局中国人民银行乌鲁木齐中心支行中国银行业监督管理委员会新疆监管局财政部驻新疆专员办中国保险监督管理委员会新疆监管局乌鲁木齐铁路局新疆维吾尔自治区气象局
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