新华航空公司于1992年8月正式成立，总部设在北京，主要经营国内航空客货运输业务。1998年10月，并入神华集团。
2001年，海南航空股份有限公司、神华集团有限责任公司和海南航空集团共同出资对新华航空进行重组，更名为新华航空有限责任公司。海南航空股份有限公司占注册资本51%；神华集团持有40%的股权。2002年，海南航空股份与海南航空集团签订资产置换协议，将海南航空集团持有新华航空的9%股权置换给海南航空股份，海南航空股份有限公司持有新华航空60%的股权。新华航空总部搬到海南省海口。
2002年10月，根据中国民用航空总局关于海南航空集团实施合并运行的批复，海南航空集团旗下四家航空公司（海南航空、中国新华航空、长安航空、山西航空）统一使用海南航空“HU”两字代码（IATA代码）、统一CI标识、统一安全责任，实施了合并运行。实行了代码、机队、营销网络、地面保障和各类资源的共享，构建了统一的安全监察体系、生产运行体系、服务保障体系、市场销售体系、财务管理体系和人力资源管理体系，整体运营效益初显成效。新华航空开通了由京津地区始发飞往全国50多个城市的80多条航线。
新华航空自2002年加盟海南航空集团以来，全面导入海南航空的企业文化和服务理念，不断开发航空运输服务新产品，一年中先后推出了机构客户服务、金鹿金卡服务、常旅客服务、地面引导服务、24小时免费电话咨询订票服务、乘机预约提醒服务、预订机上特殊餐饮服务、返程航班电话订座服务以及机上机票拍卖、抽奖娱乐活动等一系列特色服务项目，实现了与海航在服务产品、服务标准的整合接轨。新华航空的服务品质和企业形象有了明显提升。2001年6月，新华航空的祥鸽乘务组被共青团中央和国家各部委联名授予首批“全国杰出青年文明号”称号，2002年荣获民航总局颁发的航空运输安全“金雁杯”，2003年荣获首都机场航班正点率评比第一名。
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