关于日本民族的起源，或日本人的起源问题，学界至今仍聚讼不决。从体质结构来看，诸种见解大致可分三类：（一）“人种更替说”，认为在日本列岛曾发生一次乃至两次人种更替。如在19世纪80年代，解削学家小金井良精认为，在绳纹时代生活于日本列岛的原住民是阿伊努入，绳纹时代后他们被大陆来的其他人种驱赶往北方。（二）“混血说”，认为“原日本人”（旧石器时代的日本人）在绳纹时代之后，与大陆或南洋诸岛移居来的其他人种混血，逐渐形成现代日本人。医学家清野谦次首先提出“混血说”，直至20世纪30年代，仍为学界主流。（三）“演变说”（或称“连续说”），认为绳纹时代的日本人由于生活方式的变化，其体质逐渐演变，成为弥生时代人、古坟时代人乃至现代日本人。它更为重视人种的继承性，既不赞同“人种更替说”，也不大重视混血对日本民族构成的影响。二战后，东京大学人类学研究室的长谷部言人和铃木尚教授持此说，至今对学界仍有影响。
从各时代日本人的体质结构来看，属于蒙古利亚人种是毫无疑义的。考古学已证明在10万年乃至20万年以前（即旧石器时代早期或中期），便有人群在日本列岛生息。但是，由于尚无这一时期的人类骨化石的发现，因而无从了解其体质特征。目前，在日本列岛发现的最早的人骨化石是1957年在丰桥市牛川町发现的“牛川人”，约生活于旧石器时代，具有“占人” （尼安德特人），的特征。除“牛川人”外，在日本发现的旧石器时代人骨化石，如“三日人”、“浜北人”，“港川人”、“圣岳人”，其生活时代均不超过3万年前，已进入“新人”阶段。它们的体质特征是身材较矮。例如，在冲绳岛发现的“港川人”，距今约18000年，男性身高约155厘米．女性约144厘米。与中国大陆发现的旧石器时代后期的人骨化石相比较，较之华北地区的身材较高的“山顶洞人”，他们更类似于在中国广西发现的身材较矮的“柳江人”。可以认为，在冰河期海面较低而出现陆桥时，“古蒙古利亚人”（广泛分布于东南亚）之一部，从中国大陆南部移居到冲绳和西日本，形成了上述的“原日本人”。他们便是绳纹时代日本人的母体。
从1万年前到公元前3世纪，是日本的绳纹时代。由于已渡过冰河期，海面上升，日本列岛与大陆隔绝，一般认为，绳纹时代人与大陆来往甚少。目前，已发现数干具绳纹人的遗骨。从其体质结构来看，虽因时代和环境的不同，同为绳纹人也有体质差异，但大都保留着“古蒙古利亚人”的典型体征，如身材矮、脸型短、鼻扁平等，与现代日本人显然不同。然而，自绳纹时代晚期开始，又有亚洲大陆移民进入日本。到弥生时代，大陆移民急剧增加。1953年，九州大学教授直良信夫①在本州西北端的山口县土井浜发现了200余具保存良好的弥生人遗骨。其体质结构与绳纹人明显不同，其特点是身材高（平均约162—163厘米）、脸型长等，更接近于现代日本人。经许多学者研究，认为弥生时代的大陆移民，来自朝鲜半岛和中国东北。蒙古东西伯利亚等东北亚地区，属“新蒙古利亚人”系统，最初居住于本州西端和北九州，以后逐渐向东扩散，经近畿地区扩散至关东地区。在扩散过程中，他们不断与原居民（绳纹人的子孙）混血。不过，学者们对大陆移民的人数与混血对日本民族构成的影响，其估价却大相径庭。持“演变说”的学者认为，这些来自东北亚的大陆移民，因后续乏人，在混血过程中，逐渐为原居民集团所吸收，其影响不大。而持“混血说”的学者②，则运用当代的人口统汁法和拟态模型法推算，移民过程近千年（从公元前3世纪至公元7世纪），大陆新移民的人数可达数十万乃至上百万，在有些地区应占人口的四成到九成，他们认为混血之影响，远远超过一般人们的想象。自然人类学家埴原和郎③便持此说。诚然，他们也承认地域的差异，认为在弥生时代来自东北亚的新移民大多居住于北九州地区。其一部分曾扩散至近畿和关东地区，而地处偏远的东北地区、北海道、西北九州，离岛地区，则较少或几乎未受移民混血的影响，仍以绳纹人的子孙为主要居民，因而生活于北海道的阿伊努人被认为是未受混血影响的绳纹人的直系子孙。于是，在弥生时代，形成了日本人的二重构造，即移民系统弥生人（主要分布于西日本）和绳纹系统弥生人（主要分布于东日本）。而且，指纹、耳垢、齿冠的类型调查以及近年来新兴的血液、病毒的遗传因子调查，亦似乎支持这种“二重构造”说。当然，在弥生时代，也可能有中国江南地区的移民，直接或经南岛地区进入日本．但日本学者的有关研究尚不多见。
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