我刚刚处理过一个客户的这个问题，即可在采购发票分录项中有一栏“应计入成本费用”，运费在此录入，在核算时系统会自动将其计入外购成本，另外，可单独录一张采购发票（备注为运费），即可在应收应付系统中处理运费付款了，也可自动生成记账凭证。
费用可以通过采购模块里面的费用发票体现。
不知道你那个版本有没有运费发票，如果有与入库单钩稽就行了
