上海轨道交通5号线由上海地铁第一运营有限公司负责运营管理。 其投资建设和运营的责任主体是上海申通地铁集团有限公司。 上海轨道交通5号线遵照上海地铁实行的管理条例，共有四款，为《上海市轨道交通管理条例》《上海市公共交通车辆、车站广告设置暂行规定》《上海市人民政府关於严禁携带易燃易爆危险品乘坐公共交通工具的通告》《上海市轨道交通运营安全管理办法》。
