扶余历史悠久，早在西汉初期，这里便建立了中国东北地区第一个地方民族政权部落车家——夫余国，开创了北疆历史文化的先河。
清代，属吉林将军伯都讷副都统辖地，副都统驻伯都讷城。伯都讷城是清初“边外”（柳条边）七大军事重镇之一。
清康熙二十一年（1682年），设立伯都讷站，是宁古塔将军境内西部通往齐齐哈尔城的重要通道。
清康熙三十二年（1693年），在伯都讷驿站南20里处建新城，名伯都讷新城（今扶余镇），添设伯都讷副都统专城驻防。
清嘉庆十六年（1811年），设置伯都讷厅，驻伯都讷新城，同时设分防巡检一员，驻孤榆树屯（今榆树市），隶属伯都讷厅。
清光绪三十二年正月二十二日（1906年2月15日），伯都讷厅升改新城府，驻新城，与伯都讷副都统同城；孤榆树屯巡检改设榆树县，由新城府领。翌年4月，裁将军，改隶吉林行省西北路道。
1909年6月2日（清宣统元年四月十五日）批准，裁撤伯都讷副都统。
中华民国成立后，民国二年（1913年3月），改为新城县。隶属吉林省西北路道。民国三年（1914年2月），因与河北、山东等省新城县重名，奉令改称扶余县。同年6月，西北路道改称滨江道，隶属滨江道。
民国十八年（1929年2月），废止道制，由吉林省直辖。
民国三十四年（1945年11月），东北人民自治军嫩江纵队长白支队进驻扶余，民国三十五年（1946年2月），成立扶余县政府，隶于西满局吉江区行政主任公署。
1949年4月，经东北政委会决定，划归吉林省。中华人民共和国成立后，扶余仍属吉林省。
1955年2月，属吉林省怀德专区；1958年11月，划归白城专区。1987年11月，撤县变为扶余市（县级），仍隶于白城地区。
1992年6月，成立松原市，扶余市改为松原市扶余区，隶属松原市。
1995年7月，经国务院批准重新设立扶余县，县政府驻地设在三岔河镇，仍隶属松原市。
2013年1月24日，经国务院批准，撤销扶余县设立扶余市（县级），由吉林省直辖、松原市代管。
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