细菌是原核生物，真菌是真核生物结构上：微生物中只有真菌具有真正的细胞核和完整的细胞器，故又称真核细胞型微生物；细菌仅有原始核结构，无核膜和核仁，细胞器很少，属于原核细胞型微生物。细菌是原核生物，没有核膜，只有有DNA缠绕而成的拟核，而真菌是真核生物，有真正意义上的细胞核。另外，细菌（原核生物）只有一种细胞器——核糖体。
