教育部直属高校一定全国重点大学(211或985大学),而全国重点大学不一定是教育部直属,也可能是其他部委所属高校,或省属高校。
比如,南京师范大学、安徽大学等就是江苏省和安徽省的省属高校,但他们都被列入国家“211发展计划”,因此属于全国重点大学。
再如,中国科技大学也不属于教育部,而是中科院直属高校,但该校赫然列于985大学和C9大学(相当于中国的常春藤高校,一共9所,分别是清华大学、北京大学、中国科技大学、哈尔滨工业大学、西安交通大学、南京大学、浙江大学、复旦大学、上海交通大学)。
中央民族大学是国家重点大学(211+985),但隶属国家民委管辖;
哈尔滨工业大学、西北工业大学、北京航空航天大学、南京航空航天大学、北京理工大学、南京理工大学、哈尔滨工程大学这些都是中华人民共和国工业和信息化部直属的以军事、军工等学科为特色的工科院校;
中国协和医科大学,作为中国最顶尖的医科大学,也不是教育部直属高校,而是国家卫生和计划生育委员会直属的985大学。
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还有一种就是省部共建高校,由教育部和各省、各部委联合出资支持学校发展,这类大学有部分属于211/985大学(如南昌大学、安徽大学等),一部分不属于全国重点大学,但也是有较好学科的还不错的大学,如安徽师范大学(全国排名120,博士点54个,硕士点157个,综合实力强于部分垫底的211)等。