柑橘树脂病的病原为：有性阶段称柑橘间座壳，属子囊菌亚门间座壳属真菌。无性阶段称柑橘拟茎点霉，属半知菌亚门拟茎点霉属真菌。
子囊壳球形，单生或群生，埋生于树皮下黑色子座中，具长喙，偶有分枝，基部略粗，先端渐细，突出于子座外，呈毛发状，肉眼可见。子囊无色，无柄，长棍棒状。内含子囊孢子8个。
子囊孢子无色，双胞，隔膜处缢缩，长椭圆形或纺锤形，内含油球4个。分生孢子器在表皮下形成，球形、椭圆形或不规则形，具瘤状孔口。
分生孢子有两种类型：一为卵形，无色，单胞，内含1～4个油球，一般2个；另一种为丝状或钩状，无色，单胞。前者易萌发，后者则否。
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