原生环境水文地质主要研究天然地下水动力场和化学场与人类健康的关系，特别是研究生命所必需的组分和有毒有害组分的来源、迁移、聚集规律；研究地方病和异常生理状态分布规律与水土环境的关系；进行天然地下水环境质量评价等。
原生环境水文地质的研究是表生地球化学、水文地球化学、环境地学、环境医学、环境化学和环境生态学等多学科的综合性研究。自20世纪30年代，苏联提出生物地球化学地方病的概念以来，国际上开始普遍重视这一问题，我国在近20年来也开展了较大规模的研究，取得了一些成果。如在水源水质与大骨节病的研究方面，我国自1968年以来，对黑龙江、吉林、陕西、山西、四川、甘肃等病区进行了深入的病因调查和防治措施的研究，提出了改水防病等行之有效的措施。此外，我国还开展了克山病、地方性甲状腺肿、氟病与龋齿等地方性疾病病区的原生环境水文地质研究工作。
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