区别主要表现在四个方面：选题方向、知识覆盖面、篇幅、文献数量。课程论文是结合课程教学内所涉及到的理论、方法等来进行选题与写作，而毕业论文则是结合学生阶段所学所有课程来确定选题，因而课程论文相对知识覆盖面较窄。且课程论文通常是毕业论文前的小论文，不会引起学校的重视，故而相对篇幅较小，结构较为简单，要求较低。
