完全不是一回事，加样系统是在反应杯中加入样本（部分低端仪器只有一根针，也负责加试剂），而搅拌系统则是根据软件系统的设置，在加入试剂、稀释液等之后进行搅拌，以加速反应进程，均匀反应体系。
加样系统常包括加样针、样本注射器、液面感应装置、泵管道、冲洗台、机械传动装置等等。搅拌系统则包括搅拌棒、机械传动装置、冲洗台等（加粗的为关键元件）。
