1991年通过的《马斯特里赫特条约》规定的目标是，要把目前基本上还是一个经济集团的欧盟建成一个经济、政治、军事实力兼容的强大的经济政治实体。鉴于欧盟各成员国都是独立的主权国家，实现这一目标要应对来自各方面的挑战，其难度是可想而知的。
一、区域一体化发展到一定阶段，不可避免地会发生国家职能与职权向一体化组织作出某种转移。一些成员国既要享受一体化的好处，又不肯放弃本国的主权和权利。欧盟内部权力和利益分配的不平衡以及各国政治、经济、政策目标和措施的差异，已成为体制、政策、结构深化改革的一大挑战。
二、当前欧盟扩大也是对欧洲一体化的严峻挑战。随着欧洲一体化给成员国带来巨大的政治和经济利益，要求加入欧盟的国家增多，这符合欧洲一体化的趋势和各国的利益。但是申请加盟的国家的政治和经济状况不尽适应欧盟的条件。东扩还是南进，吸纳新成员的次序以及因扩大而需要在内部体制、政策方面进行改革调整，往往都成为内部争吵的问题。
三、一体化的发展会直接影响大西洋联盟关系。欧洲政治和经济力量的增强以及政治独立倾向的发展必将形成抗衡美国的局面。最近欧洲国家在美国的国家导弹防御系统和执行《京都议定书》方面与美国意见相左，显示了欧美之间的分歧和矛盾。如何协调欧美关系，将是21世纪欧洲面临的又一个重大挑战。
四、构筑欧洲新的安全格局仍是欧盟面临的挑战。欧洲多年来一直向往建立独立自主的防务，以在维护欧洲稳定与安全中发挥主要作用，但是欧盟目前还不具备足够的军事手段和必要的行动能力来维护地区安全。 欧洲一体化是一把双刃剑。从正面影响看，在经济上可以实现各种资源的优化配置，促进经济发展，有助于营造相互信任与合作的环境，促进欧洲和世界和平，推动世界多极化的发展。但是其负面影响也是明显的。首先，欧洲一体化程度越高，其保护主义和排他性趋向也可能加强。其二，一体化进程发展必然带来内部竞争和外部竞争更加激烈，使某些地区一些国家在外力的冲击下处于不利的或“被边缘化”的地位。其三，一些大国可以依靠一体化组织在全球争夺势力范围和经济主导权，成为全球的不稳定因素。
但是，从总体上来说，欧洲一体化促进联合，有助于建立欧洲相对平衡的格局，有利于制约一些不稳定因素和打破美国“称霸”、“独霸”的局面，推动世界向多极化方向发展，但是欧洲一体化不是一蹴而就的，而是长期、曲折、充满矛盾与协调、竞争与合作的进程。
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