鲸鲨几乎没有天敌，人类捕捞是其数量减少的一个原因。鲸鲨在几个季节性聚集的地区是水产业的目标之一。东南亚特别是台湾地区是鲸鲨主要捕捞区，捕捞上来的鲸鲨主要食用其肉质，有时也会将它的鳍割下以制作鱼翅。在其他地方虽然不是捕捞对象，但也会被误捕。
菲律宾在1998年禁止了所有关于鲸鲨的商业猎捕、贩卖、输入与输出活动，印度则在2001年5月禁止，从2003年开始，台湾将鲸鲨的捕捞数量限制在每年80尾。从2008年1月1日之后，则开始全面禁止这类商业活动。
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